La pureza del hidrógeno producido suele ser del 99,5%, lo que resulta insuficiente para las especificaciones técnicas que marcan una pureza superior al 99,9% para la utilización del hidrógeno en una pila de combustible. Por eso el proceso de purificación elimina las impurezas que contiene la corriente (oxígeno y vapor de agua) para aumentar la pureza del hidrógeno hasta un óptimo 99,999%. Tras esa purificación el hidrógeno se comprime para aumentar la cantidad almacenada y poder llevar a cabo la dispensación por diferencia de presión entre el almacenamiento y el dispensador. La presión de almacenamiento suele ser de alrededor de 420 bar., para dispensarlo a 350 bar.

La instalación está controlada y monitorizada permanentemente por un sistema que garantiza una operación segura y permite el registro continuo de los valores y parámetros útiles para optimizar su funcionamiento. La selección de los equipos, la definición de la lógica de operación y el seguimiento de la construcción han corrido a cargo del equipo técnico de la Fundación del Hidrógeno.